在默认情况下，MiSeq Reporter不会创建样本Index的FASTQ文件。如果用户需要创建该文件，请按以下步骤配置MiSeq Reporter：
请注意：用户修改好配置后，需以管理员身份重启MiSeq Reporter service后才能生效。如果没有管理员权限，可以通过重启电脑的方式来重启MiSeq Reporter service。

1. 打开C:\Illumina\MiSeqReporter文件夹
2. 备份MiSeq Reporter.exe.config文件
3. 使用Notepad编辑原始MiSeq Reporter.exe.config文件
4. 在文件的顶部（<appSettings> 部分）添加以下字段：
   <add key="CreateFastqForIndexReads" value="1" />
5. 保存文件
6. 重启MiSeq Reporter service
   1. 在键盘上同时按住Ctrl-Alt-Delete按键后，在新弹出的对话框中选择启动任务管理器Windows Task Manager
   2. 选择services标签窗口
   3. 在services列表中找到MiSeqReporter选项
   4. 选择停止服务：右击MiSeqReporter选项，在新弹出对话框选择停止服务
   5. 选择重新启动服务：右击MiSeqReporter选项，在新弹出对话框选择启动服务。

修改该参数后，MiSeq Reporter的所有分析都会为每个样本产生对应的index read FASTQ文件。如果想要停止输出该文件，将<add key="CreateFastqForIndexReads" value="1" /> 中的value="1"改为value="0"后保存然后按照上述第6步重启MiSeq Reporter service即可。