Utilisez les meilleures pratiques pour garantir un clustering adéquat sur des Flow Cell structurées (Patterned flow cells). Un clustering inefficace sur les Flow Cell structurées peut produire des erreurs de mis au point des caméras, de faibles intensités au cours de la première lecture (first read), un profil de pourcentage de base inhabituel et de faibles taux d’amplifiats passant le filtre sur le système HiSeq.
- Avant de commencer la dénaturation de la librairie et les réactions ExAmp, faire le lavage du cBot, en s’assurant que la plaque du cBot est complètement décongelée, puis charger la Flow Cell et le manifold sur le cBot.
- Après décongélation, inverser chaque tube d'EPX1, EPX2 et EPX3 cinq fois, puis les centrifuger brièvement. Ne pas vortexer les réactifs EPX ou le master mix EPX.
- Aspirer et distribuer lentement les réactifs visqueux EPX pour assurer un pipetage précis.
- Ajouter les réactifs EPX dans l'ordre indiqué (EPX1, puis EPX2 et enfin EPX3). Fixer le tube de master mix EPX à un rotateur de laboratoire et faire tourner le tube pendant 5 minutes à température ambiante pour assurer un mélange homogène.
- Ajouter immédiatement le master mix EPX à la librairie dénaturée, puis tapoter doucement le tube sur une surface rigide pour éliminer les bulles d'air du tube.
- Démarrer rapidement le run de cBot.
Pour plus d’informations sur la génération de cluster et le séquençage à l’aide d’une Flow cell structurée (Pattern Flow cell), consultez ces ressources supplémentaires:
cBot System Guide
HiSeq X System Guide
HiSeq 3000 System Guide
HiSeq 4000 System Guide