10/26/2022
PhiX测试Run是Illumina用来确认测序仪硬件和软件是否可以正常工作的实验方法。这里所用的PhiX参照文库基因组碱基的平衡性很好，A，T，C，G四种碱基的比例相对均一。由于PhiX文库没有Index序列，因此不能用来评估Index测序的性能。
测试时, 确保PhiX参照文库的簇密度落在最佳范围内对测试结果的准确性非常重要。请参考下面表格了解不同测序平台PhiX的上机浓度和簇密度建议：
| 测序平台 | 最佳上机浓度 | 最佳原始簇密度 |
|---|---|---|
| iSeq 100 | 100 pM | N/A** |
| MiniSeq | 1.4 pM | 170-220K clusters/mm2 |
| MiSeq v2 reagents | 12.5 pM | 1000-1200K clusters/mm2 |
| MiSeq v3 reagents | 20 pM | 1200-1400K clusters/mm2 |
| NextSeq 500/550 High Output reagents | 1.5 pM | 170-220K clusters/mm2 |
| NextSeq 500/550 Mid Output reagents | 1.5 pM | 170-220K clusters/mm2 |
| NextSeq 1000/2000 | 650 pM | N/A** |
| HiSeq 2000/2500 High Output v3 | 12 pM | 750-850K clusters/mm2 |
| HiSeq 2000/2500 High Output v4 | 18 pM | 950-1050K clusters/mm2 |
| HiSeq 2500 Rapid Run v2 | 12 pM | 850-1000K clusters/mm2 |
| HiSeq 3000/4000 | 2-3 nM* | N/A** |
| NovaSeq - Standard Workflow | 250 pM*** | N/A** |
| NovaSeq - XP Workflow | 100 pM*** | N/A** |
*为未变性pre-ExAmp 的浓度
**Patterned flow cells上面都有固定量的纳米孔，所以不同的run显示的簇密度都是相同的。
***为最终的上机浓度
对于PhiX测试Run，测序读长和参数可以根据实验目的进行调整，但是请注意Read1和Read2必须至少是26个Cycles，这样仪器上的数据分析软件才能生成质量分数（Quality Scores）。
有关为illumina测序平台准备PhiX测试Run的更多信息，请参见以下文档: