ライブラリーを調製する前に、シーケンスシステムで使用できるオプションを使用してサンプルに関する情報を記録してください。
AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2は、Catalogue of Somatic Mutations in Cancer（COSMIC）データベースで特定されたように、がんとの関連が知られている50の遺伝子のホットスポット領域にわたる体細胞変異を研究するためのターゲットリシーケンスアッセイです。
| プール数 | 濃度 | アンプリコン数 | 平均アンプリコン長（bp） | 平均ライブラリー長（bp） |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 5X | 207 | 106 | 246 |
AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2プロトコールを完了するには、パネルと以下のライブラリー調製およびインデックスキットが必要です。AmpliSeq for Illumina Library PLUS Kitは、24、96、384反応構成で利用できます。
AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2は、各DNAサンプルに対して1つのDNAライブラリー を生成します。サンプルは1つのソースからの核酸の試料であり、ライブラリーは調製後のサンプルからの核酸です。ライブラリーにはシーケンスに必要な末端があります。
適切な数のサンプルを調製するには、以下のキット数と組み合わせが必要です。
| サンプル数 | 24サンプル | 96サンプル | 384サンプル |
|---|---|---|---|
| ライブラリー数 | 24ライブラリー | 96ライブラリー | 384ライブラリー |
| AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 | 1 | 4 | 16 |
| AmpliSeq Library PLUS for Illumina | 24反応キット1個 | 96反応キット1個 | 1 384反応キット |
| AmpliSeq CD Set A（96反応、96インデックス） | 1 | 1 | 4 |
| cDNA合成 | 該当なし | 該当なし | 該当なし |
以下のシステムと試薬キットを使用して、AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2ライブラリーをシーケンスします。
| システム | 試薬キット | ラン当たりのサンプル数 |
|---|---|---|
| MiniSeqシステム | MiniSeq Mid Output Reagent Kit | 32 |
| MiniSeq High Output Reagent Kit | 96 | |
| MiSeq システム | MiSeq Reagent Nano Kit v2 | 4 |
| MiSeq Reagent Micro Kit v2 | 16 | |
| MiSeq Reagent Kit v2 | 60 | |
| MiSeq Reagent Kit v3 | 96 |