ライブラリーを調製する前に、 NextSeq 550システムで使用できるオプションを使用してサンプルに関する情報を記録してください。
AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3は、キナーゼドメインやDNA修復に関与する遺伝子など、主要ながん遺伝子をカバーしています。
| コンポーネント | プール数 | 濃度 | アンプリコン数 | 平均アンプリコン長（bp） | 平均ライブラリー長（bp） |
|---|---|---|---|---|---|
| DNA | 2 | 2X | 3781 | 105 | 245 |
| RNA | 2 | 5X | 867 | 99 | 239 |
AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3プロトコールを完了するには、パネルと以下のライブラリー調製キットおよびインデックスキットが必要です。AmpliSeq for Illumina Library PLUS Kitは、24反応、96反応、384反応構成で利用できます。
AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3プロトコールでは、サンプルごとに1つのDNAと1つのRNAライブラリーが生成されます。 サンプルはDNA、RNA、またはペアになります。このプロトコールのサンプルはペアになっています。 サンプルは1つのソースからの核酸のサンプルで、ライブラリーは調製後のサンプルからの核酸です。ライブラリーは、シーケンスに必要な末端を持つ独自のDNAまたはRNA調製物です。
適切な数のサンプルを調製するには、以下のキット数と組み合わせが必要です。
| サンプル数 | 24サンプル | 96サンプル | 384サンプル |
|---|---|---|---|
| ライブラリー数 | 48ライブラリー （24 DNA、24 RNA） |
192ライブラリー （96 DNA、96 RNA） |
768ライブラリー （384 DNA、384 RNA） |
| AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 | 1 | 4 | 16 |
| AmpliSeq Library PLUS for Illumina | 24反応キット2個 | 96反応キット2個 | 2 384反応キット |
| AmpliSeq CD Set A（96反応、96インデックス） | 1 | 2 | 8 |
| cDNA合成 | 1 | 1 | 4 |
以下のシステムと試薬キットを使用して、Sequence AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3ライブラリーをシーケンスします。
| システム | 試薬キット | ラン当たりのサンプル数 |
|---|---|---|
| MiniSeqシステム | MiniSeq High Output Reagent Kit | 3 |
| MiSeq システム | MiSeq Reagent Kit v3 | 3 |
| NextSeqシステム | NextSeq Mid Output Kit v2 | 16 |
| NextSeq High Output Kit v2 | 48 |
| システム | 試薬キット | ラン当たりのサンプル数 |
|---|---|---|
| MiniSeqシステム | MiniSeq Mid Output Reagent Kit | 24 |
| MiniSeq High Output Reagent Kit | 80 | |
| MiSeq システム | MiSeq Reagent Nano Kit v2 | 3 |
| MiSeq Reagent Micro Kit v2 | 12 | |
| MiSeq Reagent Kit v2 | 48 | |
| MiSeq Reagent Kit v3 | 80 |
| システム | 試薬キット | ランごとのDNAサンプル | ランごとのRNAサンプル | ランあたりのサンプルの組み合わせ |
|---|---|---|---|---|
| MiniSeqシステム | MiniSeq High Output Reagent Kit | 3 | 3 | 6 |
| MiSeq システム | MiSeq Reagent v3 | 3 | 3 | 6 |
| NextSeqシステム | NextSeq Mid Output Kit v2 | 16 | 16 | 32 |
| NextSeq High Output Kit v2 | 48 | 48 | 96 |