Nextera Rapid Capture ExomeおよびExpanded Exome Enrichment Kitの製品ファイル

HiSeq Analysis Software（HAS）におけるエンリッチメントワークフローのインストールを検証するためのデモデータセット。これには、Coriell Sample、GM10861のリードの1レーンの10%のタイルを含むランフォルダーが含まれており、Nextera Rapid Capture Exome Kitを使用して12のプレックスで濃縮されています。

コマンド$tar -zxvf NexteraRapidCapture_DemoDataを使用して、*tar.gzフォルダーを解凍します。

Nextera Rapid Capture Exomeターゲット領域と重複するNextera Rapid Capture Expanded Exomeターゲット領域間隔。合計オーバーラップは、2つの製品間で33 MBです。188,621のエクソームターゲット領域にわたって189,522のオーバーラップ間隔（塩基のオーバーラップによって決まります）。

例えば、Chr 1の300～500位のエクソーム領域を、Chr 1の305～495位の拡張エクソーム領域と比較すると、エクソーム産物に対して191 bpの重複と2つの5 bpの固有領域が生じます。

Nextera Rapid Capture Exomeターゲット領域と重複しないNextera Rapid Capture Exomeターゲット領域間隔。エクソームには4.1 MBのユニークなインターバルがあります。塩基の重複によって決まるように、205,598のエクソームターゲット領域にわたって336,295のインターバルがあります。

例えば、Chr 1の300～500位のエクソーム産物領域を、Chr 1の305～495位の拡張エクソーム領域と比較すると、エクソームの191 bpの重複と2つの5 bpの固有領域が生じます。

Nextera Rapid Capture Exome v1.2マニフェストファイルで導入された変更。

Nextera Rapid Capture Exomeターゲット領域と重複しないNextera Rapid Capture Expanded Exomeターゲット領域間隔。合計29 MBは拡張エクソームに固有で、47,273の拡張エクソームターゲット領域にわたって 50,257の間隔があります（塩基の重複によってのみ決定されます）。

例えば、Chr 1ポジション300～500のエクソーム領域と、Chr 1ポジション305～495の拡張エクソーム領域を比較すると、エクソーム産物に対して191 bpのオーバーラップと2つの5 bpの固有領域が生じます。

HiSeq Analysis Software用のUCSCのヒトリファレンスゲノムhg19。