iゲノム

iGenomeは、一般的に解析される生物のリファレンスシーケンスとアノテーションファイルの集合です。ファイルはEnsembl、NCBI、またはUCSCからダウンロードされています。染色体名はシンプルでダウンロードソースと一致するように変更されました。各iGenomeは、生物の単一ゲノム構築のためのシーケンスとアノテーションファイルを含む圧縮ファイルとして利用できます。

詳細については、iGenomesの概要を参照してください

ソース ビルド(複数可)
アラビドプシス・タリアナ 組み立て TAIR10 TAIR9    
  NCBI TAIR10      
Bacillus_cereus株ATCC 10987 NCBI 2003-02-13      
Bacillus_subtilis株168 組み立て EB2      
Bos taurus(牛) 組み立て UMD3.1 Btau_4.0    
  NCBI UMD_3.1.1 UMD_3.1 Btau_4.6.1 Btau_4.2
  UCSC bosTau8 bosTau7 bosTau6 bosTau4
象牙質性鼻茸炎 組み立て WBcel235 WBcel215 WS220 WS210
  NCBI WS195 WS190    
  UCSC ce10 ce6    
Canis familiaris(犬) 組み立て CanFam3.1 BROADD2    
  NCBI ビルド3.1 ビルド2.1    
  UCSC canFam3 canFam2    
Danio rerio(ゼブラフィッシュ) 組み立て GRCz10 Zv9    
  NCBI GRCz10 Zv9    
  UCSC danRer10 danRer7    
ショウジョウバエメラノガスター 組み立て BDGP6 BDGP5 BDGP5.25  
  NCBI ビルド5.41 ビルド5.3 ビルド5 ビルド4.1
  UCSC dm6 dm3    
Enterobacteriophageラムダ NCBI 1993-04-28      
Equus caballus(馬) 組み立て EquCab2      
  NCBI EquCab2.0      
  UCSC equCab2      
大腸菌株K12, DH10B 組み立て EB1      
  NCBI 2008-03-17      
大腸菌株K12, MG1655 NCBI 2001-10-15      
ガラスガラシ(ニワトリ) 組み立て Galgal4 WASHUC2    
  NCBI ビルド3.1 ビルド2.1    
  UCSC galGal5 galGal4 galGal3  
グリシン最大値 組み立て Gm01      
ホモサピエンス 組み立て GRCh37      
  NCBI

 

ビルド37.2 ビルド37.1 ビルド36.3
  UCSC hg38

hg19–アノテーションファイルはありません。

  • hg19–最新のアノテーションファイルがあります。LRM DNA Amplicon Analysisモジュールv1.1およびv2.0と併用
  • hg19–LRM DNA Amplicon Analysisモジュールv1.0と併用
hg18
  DRAGENグラフ GRCh37d5  
Macaca mulatta 組み立て Mmul_1      
Mus musculus(マウス) 組み立て GRCm38 NCBIM37    
  NCBI GRCm38 ビルド37.2 ビルド37.1  
  UCSC mm10 mm9    
結核菌株H37Rv .EB1 組み立て H37Rv .EB1      
  NCBI 2001-09-07      
Oryza sativa japonica(米) 組み立て IRGSP-1.0 MSU6    
汎トログロジテ(チンパンジー) 組み立て CHIMP2.1.4 CHIMP2.1    
  NCBI ビルド3.1 ビルド2.1    
  UCSC panTro4 panTro3 panTro2  
PhiX イルミナ RTA      
  NCBI 1993-04-28      
Pseudomonas aeruginosa株PAO1 NCBI 2000-09-13      
ラトス・ノルベジカス(ラット) 組み立て Rnor_6.0 Rnor_5.0 RGSC3.4  
  NCBI Rnor_6.0 Rnor_5.0 RGSC_v3.4  
  UCSC rn6 rn5 rn4  
Rhodobacter sphaeroides株2.4.1 NCBI 2005-10-07      
出芽酵母(酵母) 組み立て R64-1-1 EF4 EF3 EF2
  NCBI ビルド3.1 ビルド2.1    
  UCSC sacCer3 sacCer2    
Schizosaccharomyces pombe 組み立て EF2 EF1    
ソランジウムセルローサム株So_ce_56 NCBI 2007-11-27      
Sorghumバイカラー 組み立て Sbi1      
Staphylococcus aureus株NCTC 8325 NCBI 2006-02-13      
Sus scrofa(ブタ) 組み立て Sscrofa11.1 Sscrofa10.2 Sscrofa9  
  NCBI Sscrofa10.2 Sscrofa10 Sscrofa9.2  
  UCSC susScr3 susScr2    
ザミ(コーン) 組み立て AGPv4 AGPv3 AGPv2