このリソースでは、iSeq 100シーケンスシステムでAmpliSeq for Illuminaに移行するプロセスについて、段階的なガイダンスを提供します。
AmpliSeq for Illuminaの総ライブラリー調製時間は5～7時間です。ハンズオンタイムは<1.5時間で、ライブラリーの定量化、ノーマライゼーション、プーリングは含まれません。
AmpliSeq for Illuminaワークフローでは、オンサイトトレーニングは必要ありません。トレーニングにご興味のある方は、最寄りの販売代理店にお問い合わせいただき、受講可能なコースに関する情報をご確認ください。
以下のオンラインビデオコースをご利用いただけます。
AmpliSeq for Illuminaは、血液、細胞培養、または新鮮凍結組織などの利用可能なインプット量と品質が限定されないサンプルや、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織などの困難なサンプルタイプと互換性があります。DNAおよびRNAの入力要件は、アプリケーションのニーズに応じて1 ng～100 ngの範囲です。ほとんどのアプリケーションでは、プールあたり10 ngの入力を推奨します。
DNAの純度は、A260/A280の比率が1.8～2.0でなければなりません。PicoGreen（DNA）またはQubit DNA HSキットは、正確な定量のために推奨されます。AmpliSeqパネルのリファレンスガイドを参照して、必要な修正を確認してください。
AmpliSeq for Illuminaには、AmpliSeq for Illuminaパネル、AmpliSeq for Illumina Library PLUS Kit、および互換性のあるAmpliSeqインデックスキットが必要です。AmpliSeq for Illumina Library PLUS Kitは、24反応、96反応、384反応構成で利用できます。
インデックスキットの互換性については、パネルのリファレンスガイドを参照してください。
必要な機器およびユーザーが用意する消耗品に関する情報については、パネルのサポートページをご覧ください。消耗品と機器リストは、各パネルの文書ページにあります。
AmpliSeq for Illuminaライブラリーはプーリング前に手動でノーマライズされます。
ライブラリーは自動的に一本鎖に変性され、装置上でさらに希釈されます。詳細については、iSeq 100シーケンスシステムガイドのクラスタリング情報とライブラリー希釈のセクションを参照してください。
インデックス作成は、生物学的サンプルをラベル付けし、バイオインフォマティクス手法を使用してラン中に生成されたシーケンスデータを区別する方法です。
詳細については、インデックスシーケンス概要ガイドのペアエンドフローセルのデュアルインデックスワークフロー（ワークフローB）セクションを参照してください。
プロトコールを通して一度に1～96個のサンプルを処理できます。ただし、マルチチャネルピペットを用いて8サンプルまたは8の倍数を処理することを推奨します。
サポートされているインデックスの組み合わせについては、インデックスアダプタープーリングガイドのAmpliSeq for Illuminaプーリングガイドラインセクションまたはプーリングカルキュレーターを参照してください。
AmpliSeq for Illuminaプロトコールで使用されるインデックスアダプターは、AmpliSeq for Illumina専用に設計されています。アダプターには独自の設計と修正があります。NexteraまたはTruSeqアダプターはこのプロトコールに対応していません。
アダプターシーケンスについては、イルミナアダプターシーケンスドキュメントのAmpliSeq for Illumina Panelsセクションを、インデックスアダプタープーリングガイドのAmpliSeq for Illuminaプーリングガイドラインセクションを参照してください。
Ion AmpliSeqプロトコールとAmpliSeq for Illuminaプロトコールには、増幅やクリーンアップステップの追加など、いくつかの重要な違いがあります。AmpliSeq for Illuminaプロトコールを成功させるには、AmpliSeq for Illuminaリファレンスガイドの指示を確認し、それに従ってください。
サーマルサイクラーの推奨事項については、AmpliSeq for Illuminaパネルのサポートページをご覧ください。消耗品と機器リストは、各パネルの文書ページにあります。
詳細については、シーケンスを参照してください。イルミナテクノロジービデオまたは次世代シーケンステクノロジーの紹介を参照してください。
iSeq 100システムにはiSeq 100 i1 Reagentsキットが必要です。ユーザーが用意する必要な消耗品および装置については、iSeq 100シーケンスシステムガイドを参照してください。
文書およびトレーニングビデオは、iSeq 100シーケンスシステムサポートページにあります。
iSeq 100シーケンスシステムガイドのシーケンスランのセットアップ（Local Run Managerモード）またはシーケンスランのセットアップ（Manualモード）のセクションを参照してください。
iSeq 100 System Sample Sheet Templateを使用してサンプルシートを作成できます。BaseSpace Sequence Hub Run Monitoring and Storageで手動モードでシーケンスする場合、サンプルシートが必要です。サンプルシートをダウンロードして編集し、ランセットアップ中にコントロールソフトウェアにアップロードします。
最適なシーケンス深度は、実行中のアプリケーションと実験目標によって異なります。該当する参考文献については、文献を参照してください。
パネルの長さとアプリケーションには、2x151 bpを推奨します。
iSeq 100シーケンスシステムガイドのシーケンス用ライブラリー調製およびクラスター形成のセクションを参照してください。
PhiX Control v3 Libraryとは何ですか？また、イルミナNGSにおける機能は何ですか？技術資料をご覧ください。
iSeq 100シーケンスシステムガイドのリードのサイクル数セクションを参照してください。
ペアエンドシーケンスでは、断片の両端をシーケンスし、高品質でアライメント可能なシーケンスデータを生成できます。ペアエンドシーケンスは、ゲノム再構成や反復配列要素、遺伝子融合や新規転写産物の検出を容易にします。
ペアエンドリードはリファレンスにアライメントされる可能性が高いため、データセット全体の品質が向上します。イルミナの次世代シーケンス（NGS）システムはすべてペアエンドシーケンスが可能です。イルミナは、AmpliSeq for Illuminaライブラリーのペアエンドシーケンスを推奨しています。
詳細については、インデックスシーケンス概要ガイドのIlluminaウェブサイトとペアエンドフローセル（ワークフローB）のデュアルインデックスワークフローのセクションを参照してください。
イルミナシステムのクラスター最適化概要ガイドおよびクラスター密度ガイドラインを参照してください。
パターン化フローセルには、フローセルの両面の固定位置に数十億のナノウェルが含まれています。構造化された配列により、シーケンスクラスターの間隔が均等になり、パターン化されていないクラスター形成よりも多くのメリットが実現できます。
詳細については、Patterned Flow Cell Technologyウェブページ、ビデオ、およびテクニカルノートを参照してください。
イルミナのシーケンスデータの解析に使用される概念と一般的なアプローチに関する入門プレゼンテーションとディスカッションについては、シーケンスデータ解析における主要概念の紹介ウェビナーを参照してください。このウェビナーはイルミナのNGSユーザーを対象としており、de novoアセンブリ、RNAシーケンス、SNP所見で使用される基本的な解析アプローチを取り上げています。このウェビナーでは、実験デザインの基本概念についても説明しています。
Local Run Managerは、イルミナのベンチトップシーケンスデータ用のWindowsベースのソフトウェアで、ローカル解析オプションとランおよびユーザー管理が含まれます。
Local Run Managerウェビナーでは、Local Run Managerの概要を説明し、新規および中間ユーザーを対象としています。詳細については、Local Run ManagerサポートページおよびLocal Run Managerの概要トレーニングコースを参照してください。
Local Run Managerの機器およびコンピューティング要件は、Local Run Managerソフトウェアガイドのインストールセクションで入手できます。
Local Run Managerのセットアップについては、シーケンスファイル形式、データ解析用FASTQ処理ツールウェビナー、Local Run Manager導入ウェビナーを参照してください。
BaseSpace Sequence Hubは、イルミナのクラウドベースのシーケンスデータ解析ソリューションです。ランとプロジェクトの違い、データの取り扱い、データの共有などの情報については、BaseSpace Sequence Hubウェビナーを参照してください。詳細については、BaseSpace Sequence HubサポートページとBaseSpace Sequence Hubによるランの準備トレーニングコースを参照してください。
以下のリソースを参照してください。
DNA AmpliconとRNA AmpliconのアプリケーションはどちらもBaseSpace Sequence Hubから入手できます。