NextSeqでのInfinium MethylationEPICアレイスキャン
NextSeq Control Software（NCS）v4は、NextSeq 550システムで低/中スループットのメチル化EPIC BeadChipスキャンを可能にします。NCS v4はNextSeq 500および550システムで使用できますが、BeadChipスキャンが可能なのはNextSeq 550システムのみです。
詳細については、イルミナウェブサイトのInfinium MethylationEPIC BeadChipサポートページおよびInfinium MethylationEPIC Kit製品ページを参照してください。
NextSeqとiScanのアレイスキャン
iScanは、すべてのInfiniumビーズチップのスキャンに特化しています。iScan装置にはハイスループットのスキャンを容易にするためにAutoloaderを装備できますが、核酸サンプルをシーケンスすることはできません。NextSeq 550は、Autoloaderを使用せずに、低スループット/中スループットのCytoSNPとメチル化EPICビーズチップの両方のスキャンを提供し、ハイスループットシーケンスも提供します。アレイに依存した大規模なサンプル量研究（>5000サンプル/年）にフォーカスする予定であれば、iScanの方が良い選択です。大量のサンプルを必要としない研究（最大5000サンプル/年）を計画し、シーケンスを研究に取り入れたい場合、NextSeq 550が理想的です。
NextSeq 550は、iScanと同じメチル化EPIC解析用のInfiniumワークフローと解析パイプラインをサポートします。NextSeq 550は、iScanが処理できるすべてのメチル化EPICサンプル（新鮮サンプル、FFPEなど）をサポートします。
データの比較
NextSeq 550装置間のプラットフォーム内分散はごくわずかです。また、2台のiScan装置と3台のNextSeq 550装置で得られた結果には強い相関関係が見られました。R二乗値とβ値は、iScanとNextSeq 550間だけでなく、同じ装置タイプ内でも強い相関関係を示します。
iScanデバイス1と比較したスキャン結果
| 細胞株 | 新鮮凍結 | 新鮮凍結とFFPEの比較 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| R二乗 | %デルタ 20 | R二乗 | %デルタ 20 | R二乗 | %デルタ 20 | |
| iScan #2 | 0.998 | 0.003 | 0.989 | 0.011 | 0.963 | 0.036 |
| NextSeq #1 | 0.996 | 0.003 | 0.982 | 0.019 | 0.937 | 0.062 |
| NextSeq #2 | 0.996 | 0.003 | 0.983 | 0.017 | 0.947 | 0.051 |
| NextSeq #3 | 0.995 | 0.004 | 0.979 | 0.021 | 0.94 | 0.058 |
各装置の光学システムの設計は異なり、NextSeq 550では測定される強度が低くなります。強度のノーマライゼーションにより、NextSeq 550およびiScanのメチル化変化を正確に計算できます。当社のデータは、強度に関係なく、メチル化EPICの主要な精度仕様が維持されていることを示しています。0.2のサンプル間のβ値の差は99%の信頼度で測定可能です。NextSeq 550とiScanのβ値と強度値を比較したところ、β値は2種類の装置で同等であることがわかりました。
iScanデバイスと比較した複数のNextSeq装置のスキャン結果
当社のデータでは、NextSeq 550とiScanは同等の結果が得られることがわかっていますが、iScan装置とNextSeq 550装置の比較を混乱させる実験的または装置固有の微妙な差異がさまざまな環境にある可能性があります。このような状況では、アプリケーション固有の検証を実行することを推奨します。
データのノーマライズ
NextSeq 550で生成されたデータとiScanデバイスのデータを比較するには、シグナル強度をベータ値に変換する標準的なノーマライゼーションアルゴリズムを使用することをお勧めします。ノーマライゼーションは、解析前にシグナル強度の違いの影響を取り除きます。システム間でデータを比較する場合も、同じガイダンスが適用されます。
NextSeqシステムが定期的に点検されている場合、装置の経年はノーマライゼーションの方法やデータ品質に影響しません。
iScanを使用してメチル化EPICビーズチップで実施される実験用のidatファイルを含む公開リポジトリがあります。NextSeq 550データの処理に使用されるのと同じノーマライゼーション手法は、iScanで収集された公開されている生データで使用できます。シグナルノーマライゼーションであっても、イルミナは過去のiScanデータとの比較結果をNextSeq 550装置で検証することを推奨しています。
補足資料
- Infinium MethylationEPICサンプルシート
- Infinium MethylationEPIC製品ファイル
- Infinium MethylationEPIC Demo Data Set（NextSeq 550システム）
- Infinium Methylationサポート文書
- 仕様