HiSeq 3000システムでシーケンス する前に 、cBot 2システム または cBotシステムでフローセルをクラスター化します。
HiSeq Control Software（HCS）とReal-Time Analysis（RTA）ソフトウェアの互換性のあるバージョンをキットに使用します。SBSキットはクラスターキット、シングルリード（SR）またはペアエンド（PE）のいずれかとペアになります。キットの詳細については、HiSeq 3000試薬キットを参照してください。
| クラスターキット | ソフトウェアバージョン |
| HiSeq 3000/4000 SRクラスターキット | HCS v3.3.52/RTA v2.7以降 |
| HiSeq 3000/4000 PEクラスターキット | HCS v3.3.20/RTA v2.3以降 |
| HiSeq 3000/4000 SBSキット | HCS v3.3.20/RTA v2.3以降 |
Sequencing Analysis ViewerまたはBaseSpace Sequence Hubを使用して、ラン中のリアルタイムの品質メトリクスを監視します。
シーケンスデータを解析するには、以下のオプションから選択します。