ライブラリーを調製する前に、シーケンスシステムで使用できるオプションを使用してサンプルに関する情報を記録してください。
AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panelは、小児および若年成人がんに関連する体細胞バリアントの包括的評価のためのターゲットリシーケンスソリューションを提供します。
| コンポーネント | プール数 | 濃度 | アンプリコン数 | 平均アンプリコン長（bp） | 平均ライブラリー長（bp） |
|---|---|---|---|---|---|
| DNA | 2 | 4X | 3069 | 114 | 254 |
| RNA | 2 | 5X | 1701 | 122 | 262 |
AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panelプロトコールを完了するには、パネルと以下のライブラリー調製、cDNA合成、インデックスキットが必要です。AmpliSeq for Illumina Library PLUS Kitは、24反応、96反応、384反応構成で利用できます。
AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panelは、サンプルごとに1つのDNAライブラリーと1つのRNAライブラリーを生成します。サンプルはDNA、RNA、またはペアの場合があります。このプロトコールのサンプルはペアになっています。 サンプルは1つのソースからの核酸のサンプルで、ライブラリーは調製後のサンプルからの核酸です。ライブラリーは、シーケンスに必要な末端を持つ独自のDNAまたはRNA調製物です。
適切なサンプル数を調製するには、以下のキット数とキットの組み合わせが必要です。
| サンプル数 | 24サンプル | 96サンプル | 384サンプル |
|---|---|---|---|
| ライブラリー数 | 48ライブラリー （24 DNA、24 RNA） |
192ライブラリー （96 DNA、96 RNA） |
768ライブラリー （384 DNA、384 RNA） |
| AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panel | 1 | 4 | 16 |
| AmpliSeq Library PLUS for Illumina | 24反応キット2個 | 96反応キット2個 | 2 384反応キット |
| AmpliSeq CD Set A（96反応、96インデックス） | 1 | 2 | 8 |
| cDNA合成 | 1 | 1 | 4 |
以下のシステムと試薬キットを使用して、AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panelライブラリーをシーケンスします。
| システム | 試薬キット | 最大DNA数 ランごとのサンプルのみ |
最大RNA数 ランごとのサンプルのみ |
最大組み合わせ数* ラン当たりのサンプル数 |
推奨 組み合わせ* DNA:RNAプーリング 体積比** |
ランタイム |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MiniSeqシステム | MiniSeq Mid Output Reagent Kit | 1 | 8 | 1 | 5:1 | 17時間 |
| MiniSeq High Output Reagent Kit | 5 | 25 | 4 | 5:1 | 24時間 | |
| MiSeq システム | MiSeq Reagent Kit v2 | 3 | 15 | 2 | 5:1 | 24時間 |
| MiSeq Reagent Kit v3 | 5 | 25 | 4 | 5:1 | 32時間 | |
| NextSeqシステム | NextSeq Mid Output v2キット | 27 | 96 | 22 | 5:1 | 26時間 |
| NextSeq High Output v2キット | 83 | 96 | 48 | 5:1 | 29時間 |
* 組み合わせとは、同じサンプルからDNAとRNAをペアにしたもので、各核酸から1つずつ2つのライブラリーを生成し、個別にインデックス化したものです。
**推奨リードカバレッジに基づくDNAとRNAのプーリング比の組み合わせ。