ライブラリーを調製する前に、 NextSeq 550システムで使用できるオプションを使用してサンプルに関する情報を記録してください。
AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancer Panelは、がんとの関連が知られている409遺伝子の体細胞変異を解析するためのターゲットリシーケンスソリューションを提供します。
| プール数 | 濃度 | アンプリコン数 | 平均アンプリコン長（bp） | 平均ライブラリー長（bp） |
|---|---|---|---|---|
| 4 | 2X | 15,992 | 109 | 249 |
AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancer Panelプロトコールを完了するには、パネルと以下のライブラリー調製およびインデックスキットが必要です。AmpliSeq for Illumina Library PLUS Kitは、24反応、96反応、384反応構成で利用できます。
AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancerパネルには4つのオリゴプールがあるため、1つまたは2つのプールを持つパネルよりも多くのインプットDNAと試薬が必要です。
AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancer Panelは、DNAサンプルごとに1つのDNAライブラリーを生成します。サンプルは1つのソースからの核酸の試料であり、ライブラリーは調製後のサンプルからの核酸です。ライブラリーにはシーケンスに必要な末端があります。
適切な数のサンプルを調製するには、以下のキット数と組み合わせが必要です。
| サンプル数 | 24サンプル | 96サンプル | 384サンプル |
|---|---|---|---|
| ライブラリー数 | 24ライブラリー | 96ライブラリー | 384ライブラリー |
| AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancer Panel | 1 | 4 | 16 |
| AmpliSeq Library PLUS for Illumina | 24反応キット2個 | 96反応キット2個 | 2 384反応キット |
| AmpliSeq CD Set A（96反応、96インデックス） | 1 | 1 | 4 |
| cDNA合成 | 該当なし | 該当なし | 該当なし |
以下のシステムと試薬キットを使用して、Sequence AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancer Panelライブラリーをシーケンスします。
| システム | 試薬キット | ラン当たりのサンプル数 |
|---|---|---|
| NextSeqシステム | NextSeq Mid Output v2キット | 4 |
| NextSeq High Output v2キット | 12 |