| 行動 | サンプルシート設定の廃止 | 新しいサンプルシート設定 |
|---|---|---|
| Read 1およびRead 2のアダプターシーケンスを指定し、動作をトリムとして指定します。 | アダプター、AGATCGGAAGAGCACGTCTGAACTCCAGTCA または TrimAdapter,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA |
AdapterRead1,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA そして AdapterRead2,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA |
| リード1とリード2に同じアダプターシーケンスを指定し、マスクとして動作を指定します。 | MaskAdapter,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA | AdapterRead1,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA そして AdapterRead2,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA そして AdapterBehavior,マスク |
| Read 1とRead 2のアダプターシーケンスを指定し、マスクとして動作を指定します。 | MaskAdapter,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA または MaskAdapterRead2,AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT |
AdapterRead1,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA そして AdapterRead2,AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT そして AdapterBehavior,マスク |
| Read 1およびRead 2のアダプターシーケンスを指定し、動作をトリムとして指定します。また、アダプターのストリンジェンシーとして0.5を指定します。 | アダプター、AGATCGGAAGAGCACGTCTGAACTCCAGTCA または TrimAdapter,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA |
AdapterRead1,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA そして AdapterRead2,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA そして AdapterStringency、0.5 |
| 行動 | サンプルシート設定の廃止 | 新しいサンプルシート設定 |
|---|---|---|
| 151 x 8 x 8 x 151ランで、リード1の最初の7塩基と最後の6塩基をトリミングします。 | Read1StartFromCycle ,8 Read1EndWithCycle,145 |
OverrideCycles,N7Y137N6;I8;I8;Y151 |
| 行動 | サンプルシート設定の廃止 | 新しいサンプルシート設定 |
|---|---|---|
Read 1およびRead 2の最初の8サイクルをUMIとして指定し、151 x 8 x 8 x 151ランのトレーリングベースをトリミングします。 |
Read1UMIStartFromCycle ,1 Read1UMILength8 Read1StartFromCycle ,10 Read2UMIStartFromCycle ,1 Read2UMILength,6 Read2StartFromCycle ,9 |
OverrideCycles,U8N1Y142;I8;I8;U6N2Y142 |
| 行動 | コマンドライン設定の廃止 | 新しいサンプルシート設定 |
|---|---|---|
| i7インデックスシーケンスにミスマッチを1つ、i5インデックスシーケンスにミスマッチを1つ許可します。 | --バーコード-不一致1 または --バーコード-不一致1,1 |
BarcodeMismatchesIndex1、1 そして BarcodeMismatchesIndex2、1 |
| i7インデックスシーケンスに2つのミスマッチ、i5インデックスシーケンスに2つのミスマッチを許可します。 | --バーコード-不一致2 または --バーコード-不一致2,2 |
BarcodeMismatchesIndex1、2 そして BarcodeMismatchesIndex2、2 |
| 行動 | コマンドライン設定の廃止 | 新しいサンプルシート設定 |
|---|---|---|
| アダプタートリミング後、10塩基対未満のリードにNを付加して、トリミングされたすべてのリードが少なくとも10塩基対であることを確認してください。 | --minimium-trimmed-read-length 10 |
MinimumTrimmedReadLength、10ページ |
| 長さが5塩基対未満のトリミングされたリードはすべてNでマスクされていることを確認してください。 | --マスク-ショート-アダプター-リード、5 |
MaskShortReads、5ページ |