BCL変換対応製品

BCL Convertとbcl2fastq2の互換性

アダプターの動作と仕様
行動 サンプルシート設定の廃止 新しいサンプルシート設定
Read 1およびRead 2のアダプターシーケンスを指定し、動作をトリムとして指定します。

アダプター、AGATCGGAAGAGCACGTCTGAACTCCAGTCA

または

TrimAdapter,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

AdapterRead1,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

そして

AdapterRead2,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

リード1とリード2に同じアダプターシーケンスを指定し、マスクとして動作を指定します。 MaskAdapter,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

AdapterRead1,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

そして

AdapterRead2,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

そして

AdapterBehavior,マスク

Read 1とRead 2のアダプターシーケンスを指定し、マスクとして動作を指定します。

MaskAdapter,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

または

MaskAdapterRead2,AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT

AdapterRead1,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

そして

AdapterRead2,AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT

そして

AdapterBehavior,マスク

Read 1およびRead 2のアダプターシーケンスを指定し、動作をトリムとして指定します。また、アダプターのストリンジェンシーとして0.5を指定します。

アダプター、AGATCGGAAGAGCACGTCTGAACTCCAGTCA

または

TrimAdapter,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA
(コマンドライン) --adapter-stringency 0.5

AdapterRead1,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

そして

AdapterRead2,AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA

そして

AdapterStringency、0.5

リードトリミング
行動 サンプルシート設定の廃止 新しいサンプルシート設定
151 x 8 x 8 x 151ランで、リード1の最初の7塩基と最後の6塩基をトリミングします。

Read1StartFromCycle ,8

Read1EndWithCycle,145

OverrideCycles,N7Y137N6;I8;I8;Y151
UMI仕様
行動 サンプルシート設定の廃止 新しいサンプルシート設定

Read 1およびRead 2の最初の8サイクルをUMIとして指定し、151 x 8 x 8 x 151ランのトレーリングベースをトリミングします。

Read1UMIStartFromCycle ,1

Read1UMILength8

Read1StartFromCycle ,10

Read2UMIStartFromCycle ,1

Read2UMILength,6

Read2StartFromCycle ,9

OverrideCycles,U8N1Y142;I8;I8;U6N2Y142

バーコードの不一致
行動 コマンドライン設定の廃止 新しいサンプルシート設定
i7インデックスシーケンスにミスマッチを1つ、i5インデックスシーケンスにミスマッチを1つ許可します。

--バーコード-不一致1

または

--バーコード-不一致1,1

BarcodeMismatchesIndex1、1

そして

BarcodeMismatchesIndex2、1

i7インデックスシーケンスに2つのミスマッチ、i5インデックスシーケンスに2つのミスマッチを許可します。

--バーコード-不一致2

または

--バーコード-不一致2,2

BarcodeMismatchesIndex1、2

そして

BarcodeMismatchesIndex2、2

トリミングされたリードのマスキング
行動 コマンドライン設定の廃止 新しいサンプルシート設定
アダプタートリミング後、10塩基対未満のリードにNを付加して、トリミングされたすべてのリードが少なくとも10塩基対であることを確認してください。

--minimium-trimmed-read-length 10

MinimumTrimmedReadLength、10ページ

長さが5塩基対未満のトリミングされたリードはすべてNでマスクされていることを確認してください。

--マスク-ショート-アダプター-リード、5

MaskShortReads、5ページ