NextSeq 1000/2000対応製品
NextSeq 1000/2000シーケンスシステム
互換性のある製品
サンプル情報
サンプルIDやプーリングに使用するインデックスアダプターなど、サンプルに関する情報を記録するには、以下のオプションから選択します。
- クラウドモードまたはハイブリッドモードを使用する場合は、BaseSpace Sequence HubのInstrument Run Setupを使用します。
- ローカルモードを使用する場合は、サンプルシートv2テンプレートを使用します。
データ解析
Sequencing Analysis Viewer または BaseSpace Sequence Hub を使用して、ラン中のリアルタイムの品質メトリクスを監視します。
シーケンスデータを解析するには、以下のオプションから選択します。
NextSeq 1000/2000シーケンスシステムは、装置上のDRAGEN BIO-ITプラットフォームを使用して二次解析を実行します。詳細については、NextSeq 1000/2000シーケンスシステムガイドを参照してください。
シングルセルRNA製品の互換性
DRAGEN Single Cell RNA解析パイプラインは、サードパーティキットとの互換性を提供します。サードパーティキットの互換性の詳細については、シングルセルRNA製品互換性を参照してください。
DRAGENワークフローバージョンの互換性
以下のDRAGENワークフローバージョンは、NextSeq 1000/2000 Control Softwareバージョンと互換性があります。
| コントロールソフトウェアバージョン | ||||
|---|---|---|---|---|
| DRAGENバージョン | 1.0 | 1.1 | 1.2 | 1.3 |
| 3.5.6 |
|
利用不可 | 利用不可 | 利用不可 |
| 3.5.8 | 利用不可 |
|
利用不可 | 利用不可 |
| 3.7.4 | 利用不可 | 利用不可 |
|
|
| 3.8.4 | 利用不可 | 利用不可 |
|
|
リファレンスゲノム
装置上のリファレンスゲノム
| ゲノム名 | 表示名 | 種 | GTFが利用可能 |
|---|---|---|---|
| hg19_alt_aware | ヒトUCSC hg19 Custom Alt Aware | ホモサピエンス［ヒト］ | あり |
| hg19_alt_no_haps_no_decoys | ヒトUCSC hg19 Custom Alt Aware No Alt Haps No Decoys | ホモサピエンス［ヒト］ | あり |
| hg19_alt_aware_graph_based | Human UCSC hg19 Custom Alt Awareグラフ | ホモサピエンス［ヒト］ | あり |
| hs37d5 | ヒトNCBI hs37d5 | ホモサピエンス［ヒト］ | あり |
| hg37d5_graph_based | ヒトNCBI hs37d5グラフ | ホモサピエンス［ヒト］ | あり |
| hg38_alt_aware | ヒト1000ゲノム hg38 Alt Aware | ホモサピエンス［ヒト］ | あり |
| hg38-デコイ入りノルト | ヒト1000ゲノム hg38 Noalt with Decoys | ホモサピエンス［ヒト］ | あり |
| hg38_alt_aware_graph_based | ヒト1000ゲノム hg38 Alt Aware | ホモサピエンス［ヒト］ | あり |
| mm10 | マウス mm10 | Mus Musculus [マウス〕 | あり |
| フィックス | フィックス | PhiX | なし |
| rn6 | ラット rn6 | Rattus Norvegicus [ノルウェーのラット〕 | あり |
| Rhodobacter_sphaeroides_2.4.1 | R.Sphaeroides 2.4.1 | ロドバクタースファロイデス［細菌］ | なし |
| Bacillus_cereus_ATCC_10987 | B.セレウスATCC_10987 | セレウス菌［細菌］ | なし |
| WBcel235 | C.elegans Ensembl WBcel235 | Caenorhabditis Elegans［回虫］ | なし |
| A_タリアナ | A.タリアナ | アラビドプシス タリアナ | なし |
| eschColi_K12_1 | E.コリ株K12 | 大腸菌［株K12］ | なし |
参考ゲノムに関する推奨事項
二次解析にDRAGEN BIO-ITプラットフォームを使用する場合、各パイプラインに推奨されるリファレンスゲノムは以下のとおりです。
イルミナの生殖細胞系列パイプラインとイルミナエンリッチメントパイプライン
- 可能な場合は、ALT認識マッピングを使用します。
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Custom Alt Awareリファレンスゲノムを使用します。
- hg38を使用しない場合は、 Homo sapiens [UCSC] hg19 Custom Alt Awareまたは Homo sapiens [NCBI] hs37d5を推奨します。
イルミナRNAパイプライン
- 可能な場合は、ALTを使用しないこと。
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 No Alt Hapsまたは Homo sapiens [UCSC] hg19 No Alt Hapsリファレンスゲノムを使用します。
- hg38 または hg19 が利用できない場合、任意のリファレンスゲノムが適しています。