NextSeq 1000/2000 Compatible Products
NextSeq 1000/2000シーケンスシステム
互換性のある製品
オペレーティングシステムの互換性
以下の表に、オペレーティングシステム、Control Softwareバージョン、シーケンスケミストリータイプ間の互換性関係の詳細を示します。
| オペレーティングシステム | Control Softwareバージョン | シーケンスケミストリー |
|---|---|---|
| Oracle Linux 9 | 2.0以降 | XLEAP-SBSのケミストリー |
| CentOS 7 | 1.7以下 | XLEAP-SBSケミストリーおよび標準SBSケミストリー |
サンプル情報
サンプルIDやプーリングに使用するインデックスアダプターなど、サンプルに関する情報を記録するには、以下のオプションから選択します。
- クラウドモードまたはハイブリッドモードを使用する場合は、BaseSpace Sequence Hubの装置ランのセットアップを使用します。
- ローカルモードを使用する場合は、サンプルシート v2 テンプレートを使用します。
データ解析
Sequencing Analysis ViewerまたはBaseSpace Sequence Hubを使用して、ラン中のリアルタイムの品質メトリクスを監視します。
シーケンスデータを解析するには、以下のオプションから選択します。
NextSeq 1000/2000シーケンスシステムは、装置上のDRAGEN Bio-IT Platformを使用して二次解析を実行します。詳細については、NextSeq 1000/2000シーケンスシステムガイドを参照してください。
シングルセルRNA製品の互換性
DRAGEN Single Cell RNA解析パイプラインは、サードパーティキットとの互換性を提供します。サードパーティキットとの互換性の詳細については、シングルセルRNA製品との互換性を参照してください。
DRAGENワークフローバージョンの互換性
以下のDRAGENワークフローバージョンは、NextSeq 1000/2000 Control Softwareバージョンと互換性があります。
| Control Softwareバージョン | ||||
|---|---|---|---|---|
| DRAGENバージョン | 1.2～1.5 | 1.7 | 2.0 | |
| 4.2.11 | 利用不可 | 利用不可 |
|
|
| 4.2.9 | 利用不可 |
|
利用不可 | |
| 4.2.7 | 利用不可 |
|
利用不可 | |
| 3.10.12 |
|
利用不可 | 利用不可 | |
| 3.9.3 |
|
利用不可 | 利用不可 | |
| 3.8.4 |
|
利用不可 | 利用不可 | |
| 3.7.4 |
|
利用不可 | 利用不可 | |
| 3.5.8 | 利用不可 | 利用不可 | 利用不可 | |
| 3.5.6 | 利用不可 | 利用不可 | 利用不可 | |
リファレンスゲノム
装置上のリファレンスゲノム
| ゲノム名 | 表示名 | 種 | GTF利用可能 | DRAGENバージョン |
|---|---|---|---|---|
| hg19_alt_aware | Human UCSC hg19 Custom Alt Aware | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 3.5、3.7、3.8、3.10 |
| hg19_alt_haps_no_decoys | Human UCSC hg19 Custom Alt Aware No Alt Haps No Decoys | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 3.5、3.7、3.8、3.10 |
| hg19_alt_aware_graph_based | Human UCSC hg19 Custom Alt Aware Graph | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 3.8、3.10 |
| hg19-alt-masked_v3 | Homo sapiens [UCSC] hg19 Alt Masked v3 | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 4.2 |
| hg19-alt-masked.graph_v3 | Homo sapiens [UCSC] hg19 Alt Masked v3 Graph | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 4.2 |
| hs37d5 | Human NCBI hs37d5 | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 3.5、3.7、3.8、3.10 |
| hs37d5_graph_based | Human NCBI hs37d5 Graph | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 3.8、3.10 |
| hs37d5_v3 | Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v3 | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 4.2 |
| hs37d5.graph_v3 | Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v3 Graph | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 4.2 |
| hg38_alt_aware | Human 1000 Genomes hg38 Alt Aware | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 3.5、3.7、3.8、3.10 |
| hg38-noalt-with-decoy | Human 1000 Genomes hg38 Noalt with Decoys | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 3.5、3.7、3.8、3.10 |
| hg38_alt_aware_graph_based | Human 1000 Genomes hg38 Alt Aware | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 3.8、3.10 |
| hg38-alt-masked_v3 | Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Alt Masked v3 | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 4.2 |
| hg38-alt-masked.graph_v3 | Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Alt Masked v3 Graph | ホモサピエンス［ヒト］ | あり | 4.2 |
| mm10 | ハツカネズミ [UCSC] mm10 | ハツカネズミ [マウス] | あり | 3.5、3.7、3.8、3.10、4.2 |
| phix | マイクロウイルスEscherichiaウイルスphiX174 [NCBI] | PhiX | なし | 3.5、3.7、3.8、3.10、4.2 |
| rn6 | ドブネズミ [UCSC] rn6 | ドブネズミ [ノルウェーのラット] | あり | 3.5、3.7、3.8、3.10、4.2 |
| Rhodobacter_sphaeroides_2.4.1 | R.sphaeroides [NCBI] 2.4.1 | ロドバクター・スフェロイデス [細菌] | なし | 3.5、3.7、3.8、3.10、4.2 |
| Bacillus_cereus_ATCC_10987 | セレウス菌 [NCBI] ATCC_10987 | Bacillus Cereus [Bacterium] | なし | 3.5、3.7、3.8、3.10、4.2 |
| WBcel235 | C.エレガンス [Ensembl] WBcel235 | カエノラブディティス・エレガンス [線虫] | なし | 3.5、3.7、3.8、3.10、4.2 |
| シロイヌナズナ | シロイヌナズナ [TAIR] TAIR10 | シロイヌナズナ | なし | 3.5、3.7、3.8、3.10、4.2 |
| eschColi_K12_1 | E. coli [NCBI] K12 MG1655 | 大腸菌［K12株］ | なし | 3.5、3.7、3.8、3.10、4.2 |
リファレンスゲノムの使用に関する推奨事項
二次解析にDRAGEN Bio-IT Platformを使用する場合、各DRAGENパイプラインに推奨されるリファレンスゲノムは以下のとおりです。
イルミナ生殖系列パイプラインおよびイルミナ濃縮パイプライン（DRAGEN v3.10以下）
- 可能な場合は、ALT対応マッピングを使用します。
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Custom Alt Awareリファレンスゲノムを使用します。
- hg38を使用しない場合は、Homo sapiens [UCSC] hg19 Custom Alt Aware または Homo sapiens [NCBI] hs37d5を推奨します。
イルミナRNAパイプライン（DRAGEN v3.10以下）
- 可能な場合は、ALTを使用しないこと。
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 No Alt Haps または Homo sapiens [UCSC] hg19 No Alt Hapsリファレンスゲノムを使用します。
- hg38またはhg19が利用できない場合、どのリファレンスゲノムも適しています。
イルミナの生殖系列パイプライン、エンリッチメント生殖系列パイプライン、アンプリコン生殖系列パイプライン（DRAGEN v4.2以上）
- ALTマスクマッピングを使用します。
- グラフゲノムを使用します。
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Alt Masked Graph v3リファレンスゲノムを使用します。
- hg38を使用しない場合は、Homo sapiens [UCSC] hg19 Alt Masked Graph v3 または Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v3 Graphを推奨します。
- ノングラフはサポートされていますが、精度が低下しています。
Illumina Enrichment Somatic、Amplicon Somatic、RNA、scRNA Pipelines（DRAGEN v4.2以上）
- ALTマスクマッピングを使用します。
- グラフ以外のゲノムを使用します。
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Alt Masked v3リファレンスゲノムまたはHomo sapiens [UCSC] hg19 Alt Masked v3リファレンスゲノムを使用します。