DRAGEN二次解析製品ファイル

リファレンスファイル

アセンブリ タイプ リファレンスゲノムハッシュテーブル ファイル名 DRAGENの主要バージョン   3.8 3.9 3.10 4.0 4.2 4.3 4.4
ハッシュテーブルバージョン   8 8 8 8 9 10 11
CHM13 パンゲノム(グラフ)リファレンス Homo sapiens [T2T] CHM13_v2 v5 Pangenome chm13_v2-cnv.graph.hla.methyl_cg.rna-11-r5.0-1 11              
Homo sapiens [T2T] CHM13_v2 v4 Multigenome chm13_v2-cnv.graph.hla.rna-10-r4.0-1
10              
Homo sapiens [T2T] CHM13_v2 v3 Multigenome chm13_v2-cnv.graph.hla.rna-9-r3.0-1 9          
リニアリファレンス Homo sapiens [T2T] CHM13_v2 v5  chm13_v2-cnv.hla.methyl_cg.methylated_combined.rna-11-r5.0-1 11              
Homo sapiens [T2T] CHM13_v2 v4 chm13_v2-cnv.hla.methylated_combined.rna-10-r4.0-1 10              
Homo sapiens [T2T] CHM13_v2 v3 chm13_v2-cnv.hla.rna-9-r3.0-1 9          
アセンブリ タイプ リファレンスゲノムハッシュテーブル ファイル名 DRAGENの主要バージョン   3.8 3.9 3.10 4.0 4.2 4.3 4.4
ハッシュテーブルバージョン   8 8 8 8 9 10 11
hg19 パンゲノム (グラフ)リファレンス Homo sapiens [UCSC] hg19 v5 Pangenome hg19-alt_masked.cnv.graph.hla.methyl_cg.rna-11-r5.0-1 11              
Homo sapiens [UCSC] hg19 v4 Multigenome hg19-alt_masked.cnv.graph.hla.rna-10-r4.0-1 10              
Homo sapiens [UCSC] hg19 v3 Multigenome hg19-alt_masked.cnv.graph.hla.rna-9-r3.0-1 9          
Homo sapiens [UCSC] hg19 v2 Multigenome hg19-alt_masked.cnv.graph.hla.rna-8-r2.0-1.run 8            
Homo sapiens [UCSC] hg19 alt-masked Multigenome hg19_alt_masked+cnv+graph+rna-8-r1.0-1 8              
Homo sapiens [UCSC] hg19 alt-aware Multigenome hg19_alt_aware+cnv+graph+rna-8-r1.0-0
8          
リニアリファレンス Homo sapiens [UCSC] hg19 v5 hg19-alt_masked.cnv.hla.methyl_cg.methylated_combined.rna-11-r5.0-1 11              
Homo Sapiens [UCSC] hg19 v4 hg19-alt_masked.cnv.hla.methylated_combined.rna-10-r4.0-1
10              
Homo Sapiens [UCSC] hg19 v3 hg19-alt_masked.cnv.hla.rna-9-r3.0-1 9              
Homo sapiens [UCSC] hg19 methylation v3 hg19-alt_masked.methylated_combined.methylation.seed_len27-9-r3.0-1 9              
Homo sapiens [UCSC] hg19 v2 hg19-alt_masked.cnv.hla.rna-8-r2.0-1 8              
アセンブリ タイプ リファレンスゲノムハッシュテーブル ファイル名 DRAGENの主要バージョン   3.8 3.9 3.10 4.0 4.2 4.3 4.4
ハッシュテーブルバージョン   8 8 8 8 9 10 11
hg38 パンゲノム (グラフ)リファレンス Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 v5 Pangenome hg38-alt_masked.cnv.graph.hla.methyl_cg.rna-11-r5.0-1 11              
Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 v4 Multigenome hg38-alt_masked.cnv.graph.hla.rna-10-r4.0-1 10              
Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 v3 Multigenome hg38-alt_masked.cnv.graph.hla.rna-9-r3.0-1 9          
Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 v2 Multigenome hg38-alt_masked.cnv.graph.hla.rna-8-r2.0-1 8            
Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 alt-masked Multigenome hg38_alt_masked+cnv+graph+rna-8-r1.0-1 8              
Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 alt-aware Multigenome hg38_alt_aware+cnv+graph+rna-8-r1.0-0 8          
リニアリファレンス Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 v5 hg38-alt_masked.cnv.hla.methyl_cg.methylated_combined.rna-11-r5.0-1 11              
Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 v4 hg38-alt_masked.cnv.hla.methylated_combined.rna-10-r4.0-1 10              
Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 v3
hg38-alt_masked.cnv.hla.rna-9-r3.0-1 9              
Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 methylation v3
hg38-alt_masked.methylated_combined.methylation.seed_len27-9-r3.0-1 9              
Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 v2 hg38-alt_masked.cnv.hla.rna-8-r2.0-1 8              
アセンブリ タイプ リファレンスゲノムハッシュテーブル ファイル名 DRAGENの主要バージョン   3.8 3.9 3.10 4.0 4.2 4.3 4.4
ハッシュテーブルバージョン   8 8 8 8 9 10 11
hs37d5 パンゲノム (グラフ)リファレンス Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v5 Pangenome  hs37d5-cnv.graph.hla.methyl_cg.rna-11-r5.0-1 11              
Homo sapiens [NCBI] hs37d5_chr v5 Pangenome  hs37d5_chr-cnv.graph.hla.methyl_cg.rna-11-r5.0-1 11              
Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v4 Multigenome hs37d5-cnv.graph.hla.rna-10-r4.0-1 10              
Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v3 Multigenome hs37d5-cnv.graph.hla.rna-9-r3.0-1 9          
Homo sapiens [NCBI] hs37d5 Multigenome hs37d5+cnv+graph+rna-8-r1 8            
リニアリファレンス Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v5 hs37d5-cnv.hla.methyl_cg.methylated_combined.rna-11-r5.0-1 11              
Homo sapiens [NCBI] hs37d5_chr v5  hs37d5_chr-cnv.hla.methyl_cg.methylated_combined.rna-11-r5.0-1 11              
Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v4
hs37d5-cnv.hla.methylated_combined.rna-10-r4.0-1 10              
Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v3 hs37d5-cnv.hla.rna-9-r3.0-1 9              
アセンブリ タイプ リファレンスゲノムハッシュテーブル ファイル名 DRAGENの主要バージョン   3.8 3.9 3.10 4.0 4.2 4.3 4.4
ハッシュテーブルバージョン   8 8 8 8 9 10 11
hg38-mm39 リニアリファレンス Homo sapiens [1000 Genomes] - Mus musculus [Gencode] - hg38-mm39 v5 hg38-mm39-alt_masked.cnv.hla.methyl_cg.methylated_combined.rna-11-r5.0-1 11              

DRAGEN リソースファイル

DRAGEN コンポーネント/パイプライン リソースファイル コンテンツ 説明  サイズ 日付 DRAGENの主要バージョン
3.7 3.8 3.9 3.10 4.0 4.1 4.2 4.3 4.4
イルミナDRAGENハッシュテーブルビルダー(Pangenome Reference Generation) CHM13-v2 Pangenome Reference Collection v5 DRAGENマルチゲノムリファレンスを構築するためのmsVCF、FASTAファイル、グラフ除外.bedファイル、マスク.bedファイル、追加kmer.bedファイル(ファイル名「<FASTA>_graph_bed」)

DRAGENマルチゲノムリファレンスを再構築するには、同じリファレンスビルドから提供されるすべてのファイルを使用します。

DRAGENマルチゲノムリファレンスをカスタマイズするには、msVCFおよびその他のリソースファイルを使用します。

2.3 GB 2025年5月                
hg19 Pangenome Reference Collection v5 2.1 GB                
hg38 Pangenome Reference Collection v5 2.1 GB                
hs37d5 Pangenome Reference Collection v5 2.1 GB                
CHM13-v2 Multigenome Reference Collection v4 2.1 GB 2024年6月                
hg19 Multigenome Reference Collection v4 2.0 GB                
hg38 Multigenome Reference Collection v4 2.0 GB                
hs37d5 Multigenome Reference Collection v4 1.9 GB                
Illumina DRAGEN出力レポート DRAGEN Output Reports rpm v4.4.4 - レポート tar.gzのDockerイメージまたはrpmパッケージ DRAGENの出力ファイルからリッチでインタラクティブな自己完結型HTMLレポートを生成するためのツールを提供します。 サマリーレポートは、主要メトリクスとフルレポートの比較サマリーです。 25 MB 2025年5月                
DRAGEN Output Reports rpm v4.4.4 - 概要レポート 14 MB                
DRAGEN出力レポート v4.3.6 147 MB 2024年6月                
Illumina DRAGEN ML  DRAGEN ML Model v2.0 MLモデルファイルv2.0 バリアントコーリング中にDRAGEN MLが有効な場合に使用します。DRAGEN v4.0以降では、MLモデルはDRAGENに含まれます。 13.7 GB      

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DRAGEN ML Model v3.1 MLモデルファイル v3.1 13.7 GB        

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Illumina DRAGEN Somatic small variant calling - WGS, WES SNV Somatic Systematic Noise v2.0.0 hg19、hs37d5、hg38のノイズベースラインBEDファイルのコレクション - WGSおよびWES DRAGEN Small バリアントコーリング-Somaticで使用 9.6 GB                
SNV Somatic Systematic Noise v1.1.0 1.5 GB                
Somatic Systematic Noise Baseline Collection v1.0.0 1.9 GB      
Illumina DRAGEN Somatic SV calling - WGS, WES SV Systematic Noise Baseline Collection v3.1.0 hg19、hs37d5、hs37d5-chr、hg38、WGS、FFPEサンプル/Heme固有のノイズベースラインBEDPEファイルのコレクション  DRAGEN SVコーリングで使用—Somatic 185 MB 2025年5月                
SV Systematic Noise Baseline Collection v3.0.0 hg19、hs37d5、hg38、WGS、Hem固有のノイズベースラインBEDPEファイルのコレクション  112 MB 2024年5月                
SV Systematic Noise Baseline Collection v2.0.1 hg19、hs37d5、hg38のノイズベースライン BEDPEファイルのコレクション - WGSおよびWES 20.6 MB 2023年7月              
SV Systematic Noise Baseline Collection v1.0.0 16 MB 2022年7月              
Illumina DRAGEN CNV - Germline Enrichmentパイプライン CNV Panel of Normals for Twist Bioscience for Illumina Exome FFPE 2.5 - DRAGEN 4.4 v1.0   Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichmentプロトコールにより、異なる組織タイプから45のFFPE良性隣接サンプルから生成されるPONで、NovaSeq 6000でシーケンスされます。 404 MB 2025年5月                
CNV Panel of Normals for Twist Bioscience for Illumina Exome Mito 2.5 - DRAGEN 4.4 v1.0   54のサンプルから生成されるPON、ミトコンドリアゲノムエンリッチメントを伴うIllumina DNA Prep with Enrichmentプロトコール、質量でプール、オーバーナイトハイブリダイゼーション、NovaSeq 6000およびNextSeq 2000のシーケンス 1.9 GB 2025年5月                
CNV Panel of Normals for Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 - DRAGEN 4.4 v1.0   54サンプルから生成されるPON、Illumina DNA Prep with Enrichmentプロトコール、質量でプール、オーバーナイトハイブリダイゼーション、NovaSeq 6000およびNextSeq 2000でのシーケンス 1.9 GB 2025年5月                
CNV Panel of Normals for Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel - DRAGEN 4.3 v1.0 エクソーム用のノーマル (PON) ファイルのパネルのコレクション(combined.counts.txt.gz) 54のサンプルから生成されたPON、Illumina DNA Prep with Enrichmentプロトコール、質量によるプール、夜間ハイブリダイゼーション、NovaSeq 6000およびNextSeq 2000でのシーケンシング。 4.4 GB 2024年6月                
CNV Panel of Normals for Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel - DRAGEN 4.2 v2.0 54のサンプルから生成されたPON、Illumina DNA Prep with Enrichmentプロトコール、質量によるプール、夜間ハイブリダイゼーション、NextSeq 2000のみでのシーケンシング。 2.8 GB                  
CNV Panel of Normals for Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel - DRAGEN 4.2 v1.0 26のサンプルから生成されたPON、Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichmentプロトコール、体積によるプール、夜間ハイブリダイゼーション、NextSeq 6000のみでのシーケンシング。 1.1 GB                  
CNV Panel of Normals for Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel - DRAGEN 4.0 v1.0 26のサンプルから生成されたPON、Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichmentプロトコール、体積によるプール、夜間ハイブリダイゼーション、NextSeq 6000のみでのシーケンシング。 1.0 GB                  
CNV Panel of Normals for Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel - DRAGEN 3.10 v1.0 54のサンプルから生成されたPON、Illumina DNA Prep with Enrichmentプロトコール、質量によるプール、夜間ハイブリダイゼーション、NextSeq 2000のみでのシーケンシング。 914.9 MB                  
CNV Panel of Normals for TruSight Hereditary Cancer Panel - DRAGEN 4.4 v1.0

TruSight Hereditary Cancer Panel用のノーマルファイル (PON) のパネルのコレクション (combined.counts.txt.gz)。

これらのPONファイルはあらかじめ構築されています。最適な性能を得るため、ラボのプロトコールに最適なPONを独自に作成することを推奨しています。

42のサンプルから生成されたPON、Illumina DNA Prep with Enrichmentプロトコール、58℃でのハイブリダイゼーション、MiSeq、NextSeq 550、NextSeq 2000、NovaSeq 6000でのシーケンシング 34 MB 2025年5月                
TruSight Hereditary Cancer Panel用のCNVノーマルパネル - DRAGEN 4.3 v2.0 41.8 MB                  
CNV Panel of Normals for TruSight Hereditary Cancer Panel - DRAGEN 4.2 v1.0 30.2 MB                  

Illumina DRAGEN CNV - Somatic TO(Tumor-only) 

イルミナDRAGEN GermlineASCN CNV

hg38 CNV Population SNP VCF v1.0 体細胞パイプラインのTumor-onlyワークフロー、およびASCN CNV生殖細胞系列パイプラインで使用される集団SNPのコレクション

Tumor-onlyのワークフローで使用されます。

生殖細胞系列ASCNワークフローで使用され、生殖細胞系列サンプル中のBアレルプロファイルを推定するために使用される候補部位を特定します。

1.8 GB   S S S S S S S S SおよびG
hg19 CNV Population SNP VCF v1.0 1.8 GB   S S S S S S S S SおよびG
hs37d5 CNV population SNP VCF v1.0 1.8 GB   S S S S S S S S SおよびG
CHM13-v2 CNV population SNP VCF v1.0 4.0 GB               S S SおよびG
Illumina DRAGEN MSI マイクロサテライトファイルv1.1.0 DRAGEN WES/WGS体細胞パイプラインで使用されるDRAGENマイクロサテライトSiteファイルのコレクション。 このバージョンでは、FFPEサンプルWGS/WESの正常パネルが追加されており、MSIサイトはさらにキュレーションされています。v4.2以降ではこのバージョンを使用することが推奨されます。 385 MB 2025年5月            
Microsatellite Files v1.0.0   48 MB 2024年5月
Illumina DRAGEN SNV Pipeline Bed File Collection v1.0.0  hg38、hg19、およびhs37d5のALU除外領域 bedファイルのコレクション オプション--vc-excluded-regions-bedを備えたFFPEサンプルで使用するALU Bedファイル
37 MB 2024年5月
イルミナDRAGENターゲットコーラー Targeted Caller Systematic Noise Baseline Collection v1.0.0   hg38、hg19、およびhs37d5の系統的ノイズベースライン jsonファイルのコレクション WESデータでターゲットコーラーとともに使用します。 138 MB 2025年5月                
Illumina DRAGEN MRJD DRAGEN MRJD utility software v1.0 readme、pythonスクリプト、MRJD領域 bedファイル、テストデータセットを含むtar.gzファイル MRJDコーラー出力により、医学的に関連性があり困難な6つの遺伝子の相同領域におけるDRAGEN Small Variant Caller出力に代わるユーティリティソフトウェア 115 KB                

イルミナDRAGEN scRNA、CRISPR、scATAC

イルミナDRAGENバルクRNA

遺伝子アノテーションファイルコレクションv1.0

対応するゲノムアセンブリで使用するためのGTF遺伝子アノテーションのバージョンは、https://www.gencodegenes.org/。

各 アノテーションには、リファレンス染色体のみに包括的な遺伝子アノテーションが含まれます(足場、アセンブリパッチ、代替遺伝子座を除く)。

DRAGENソフトウェアの適応バージョンの検証とベンチマーキングに使用される遺伝子アノテーションインプット。

バルクRNAパイプライン用にテストされたgencode_hs37d5_chr.v19.annotation.gtf

gencode.hg38_v44.mm39_vM30.annotation.gtf.gz はscRNAパイプライン専用にテスト済み

gencode.v44.annotation.gtf.gz、 gencode.v19.annotation.gtfはすべてのパイプラインで テスト済みです。

必要に応じて、異なるアノテーションを使用することができます(例:異なるアセンブリや種)。

283 MB 2025年5月 以前のバージョンについては、イルミナテクニカルサポートにお問い合わせください。
Illumina DRAGEN Population Haplotyping  hg38 Genetic Map v2.0 常染色体およびchr Xの遺伝子マップ、遺伝子マップ構成ファイル
集団ハプロタイピングツールで使用し、集団データセットをフェーズ化し、ハプロタイプを推測します。出力は、インピュテーションに使用できるリファレンスパネルを構築します。 22.4 MB 2023年7月            
Illumina DRAGEN Imputation  Imputation Reference Panel-IRPv2.1 リファレンスパネル、遺伝子マップ、構成ファイル、バリアントサイトファイル  このリファレンスパネルには、常染色体とchrX、マルチアレルSNP、インデル、最高125Mのバリアントが含まれます  20 GB 2024年6月        

2

2

Imputation Reference Panel-IRPv2.0 このリファレンスパネルには、常染色体とchrX、多アレルSNP、インデル(<3% AF除去)、最高110Mのバリアントが含まれます  18.5 GB 2024年1月        

2

2

Imputation Reference Panel-IRPv1.2 このリファレンスパネルには、常染色体、両アレルSNP、最高50Mのバリアントが含まれます  8.2 GB 2023年7月        
Illumina DRAGEN Hash Table Builder CHM13-v2 Custom Multigenome Reference Collection v1.1.0 FASTAリファレンスファイル、マスク.bedファイル、グラフ.bedファイル

DRAGEN v.4.0、DRAGEN v.4.1およびDRAGEN v4.2のカスタムマルチゲノムリファレンスの構築にのみ使用されます。

注:DRAGENマルチゲノムリファレンスは、これらのリソースファイルでは再構成できません。

1.1 GB 2023年7月                
hg19 Custom Multigenome Reference Collection v1.1.0 1.0 GB 2023年7月                
hg38 Custom Multigenome Reference Collection v1.1.0 1.0 GB 2023年7月                
hs37d5 Custom Multigenome Reference Collection v1.1.0 968 MB 2023年7月                
hg19 Custom Multigenome Reference Collection v1.0.0 3.2 GB 2023年7月              
hg38 Custom Multigenome Reference Collection v1.0.0 3.2 GB 2023年7月              
hs37d5 Custom Multigenome Reference Collection v1.0.0 3.2 GB 2023年7月              
Illumina DRAGEN ORA Compression ORA Compression Reference files for human data  リファレンスファイルとインデックスファイル 最適化されたDRAGEN ORA(v3.10以降)による圧縮 - 通常のヒトデータ 2 GB 2022年3月      
ORA Compression Reference files for human data 通常のヒトデータの圧縮 1.5 GB 2021年4月  
ORA Compression Reference files for human bisulfite data  ヒトビスルファイトデータの圧縮(メチル化DNAのユースケース) 5 GB 2024年6月              

ORA圧縮リファレンス 全種 V2.0

すべての種がサポートされているデータベース。V2は以前のバージョンと比較してDuckリファレンスを追加 特定の種のリソースファイルをダウンロードするには、以下の行を参照してください 27 GB 2025年5月              
          3.7 3.8 3.9 3.10 4.0 4.1 4.2 4.3 4.4
ORA Compression Reference files for pig data イノシシ 2 GB                
ORA Compression Reference files for chicken data ニワトリ  986 MB                
ORA Compression Reference files for rice data イネ  315 MB                
ORA Compression Reference files for arabidopsis data シロイヌナズナ  110 MB                
ORA Compression Reference files for wheat data コムギ 6.2 GB                
ORA Compression Reference files for cattle data ウシ 2 GB                
ORA Compression Reference files for soybean data ダイズ 685 MB                
ORA Compression Reference files for rat data ドブネズミ 2 GB                
ORA Compression Reference files for maize data トウモロコシ 1 GB                
ORA Compression Reference files for zebrafish data ゼブラフィッシュ 1.2 GB                
ORA Compression Reference files for mouse data ハツカネズミ 2 GB                
ORA Compression Reference files for roundworm data 線虫 92 MB                
ORA Compression Reference files for duck data コブハクチョウ 1.0 GB                

1:DRAGENインストーラーに同梱

2—DRAGEN v4.0およびv4.1と互換性がありますが、chXにインピュテーションはありません

S:体細胞パイプラインに利用可能

SおよびG:体細胞パイプラインと生殖細胞パイプラインで利用可能