MiSeq Reporterでは、二次解析を開始するために以下の一次解析ファイルが必要です。ソフトウェアはランフォルダー内のこれらのファイルに自動的にアクセスします。
| ファイルタイプ | 説明 |
|---|---|
| RTAComplete.txt | RTA処理が完了したことを示すマーカーファイル。 |
| SampleSheet.csv | シーケンスランの開始時に提供されます。解析ワークフローと重要なラン情報が含まれます。 |
| RunInfo.xml | ハイレベルなラン情報を特定します。 |
| *.bclファイル | ファイルにはベースコーリング情報が含まれます。 |
| *.filterファイル | ファイルには各タイルのフィルター結果が含まれます。 |
| *.locsファイル | ファイルにはタイル上のすべてのクラスターの場所が含まれます。 |
| データベース | ヒト用miRbase ヒト用dbSNP ヒト用refGene |
| ゲノム | アラビドプシス・タリアナ 牛 大腸菌株DH10b ヒト（ホモサピエンス）ビルドhg19 マウス ラット 酵母 黄色ブドウ球菌 |
FASTA形式で独自のリファレンスをアップロードして使用することができます。参照FASTAファイルは1つのフォルダに保管し、拡張子は*.faまたは*.fastaとします。