MiSeq Reporterの仕様

仕様

二次解析インプット要件

MiSeq Reporterでは、二次解析を開始するために以下の一次解析ファイルが必要です。ソフトウェアはランフォルダー内のこれらのファイルに自動的にアクセスします。

ファイルタイプ 説明
RTAComplete.txt RTA処理が完了したことを示すマーカーファイル。
SampleSheet.csv シーケンスランの開始時に提供されます。解析ワークフローと重要なラン情報が含まれます。
RunInfo.xml ハイレベルなラン情報を特定します。
*.bclファイル ファイルにはベースコーリング情報が含まれます。
*.filterファイル ファイルには各タイルのフィルター結果が含まれます。
*.locsファイル ファイルにはタイル上のすべてのクラスターの場所が含まれます。

プレインストールされたデータベースとゲノム

データベース

ヒト用miRbase

ヒト用dbSNP

ヒト用refGene

ゲノム アラビドプシス・タリアナ

大腸菌株DH10b

ヒト(ホモサピエンス)ビルドhg19

マウス

ラット

酵母

黄色ブドウ球菌

FASTA形式で独自のリファレンスをアップロードして使用することができます。参照FASTAファイルは1つのフォルダに保管し、拡張子は*.faまたは*.fastaとします。