ほとんどの解析モジュールでは、Local Run Managerでランを作成するときにライブラリー調製キットを選択するように求められます。Local Run Managerダッシュボードのツールを使用して、解析モジュールで使用するカスタムライブラリー調製キットの定義 を作成できます。 Local Run Managerソフトウェアガイド およびキット定義ファイルの 例を参照してください。
Amplicon解析モジュールは、マニフェストファイルで指定されたリファレンスに対してリードをアライメントし、バリアント解析を実行します。
| ライブラリーキットカテゴリー | ライブラリーキット名 |
|---|---|
| イルミナAmpliSeq | AmpliSeq for Illumina Comprehensive Cancer Panel AmpliSeq for Illumina Cancer HotSpot Panel v2 AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 AmpliSeq for Illumina BRCA Panel AmpliSeq for Illumina Exome Panel |
| TruSeqアンプリコン | |
| TruSightアンプリコンパネル | TruSight骨髄パネル |
DNA Enrichment解析モジュールは、全ゲノムリファレンスに対してリードをアライメントし、マニフェストファイルで指定された関心領域のバリアント解析を実行します。
| ライブラリーキットカテゴリー | ライブラリーキット名 |
|---|---|
| Nextera Rapid Capture Enrichment | Nextera Rapid Capture |
| TruSightエンリッチメントパネル | TruSight Rapid Captureには、以下が含まれます。
|
Generate FASTQ解析モジュールは、インデックス化されたリードをデマルチプレックスし、FASTQファイル形式で中間解析ファイルを生成した後、ワークフローを終了します。FASTQファイルは、サードパーティの解析ツールに入力されます。
| ライブラリーキットカテゴリー | ライブラリーキット名 |
|---|---|
| TruSeqアンプリコン | |
| TruSightアンプリコンパネル | TruSight骨髄パネル |
| Nextera | Nextera DNA |
| Nextera Mateペア | Nextera Mateペア |
| Nextera XT V2 | Nextera XT with Index Kits v2 |
| Nextera XT | Nextera XT |
| TruSeq HT | |
| TruSeq LT | |
| Nextera Rapid Capture Enrichment | Nextera Rapid Capture |
| TruSightエンリッチメントパネル |
TruSight Rapid Captureには、以下が含まれます。
|
| TruSeq Small RNA | TruSeq Small RNA |
RNA Amplicon解析モジュールは、マニフェストファイルで指定されたリードをアライメントし、サンプル間の遺伝子とアイソフォームの相対発現を定量化し、サンプル間の存在量を比較します。
| ライブラリーキットカテゴリー | ライブラリーキット名 |
|---|---|
| イルミナAmpliSeq | AmpliSeq for Illumina AmpliSeq for Illumina Focus Panel |
TruSight Tumor 15解析モジュールは、マニフェストファイルで指定されたリードをアライメントし、がんに関連する一連のリファレンスパネル遺伝子の体細胞バリアントを報告します。
デフォルトでは、解析モジュールはTruSight Tumor 15ライブラリーに設定されています。
VeriSeq PGS解析モジュールは、ヒトリファレンスゲノムにリードをデマルチプレックスし、アライメントします。BAMファイルは、BlueFuse−(* Multi Analysis Softwareで使用するために生成されます。
デフォルトでは、解析モジュールはVeriSeq PGSライブラリーに設定されています。